研究表明，溫度管理對有機(jī)肥發(fā)酵的速率和產(chǎn)品的質(zhì)量有重要影響。溫度管理必須使有機(jī)肥原料的溫度保持在50~55℃以上5~7天，符合微生物無害化標(biāo)準(zhǔn)要求，是最重要的生產(chǎn)管理項(xiàng)目。

影響溫度管理的因素通常是通風(fēng)和翻轉(zhuǎn)。有機(jī)肥原料的調(diào)節(jié)適用于放入發(fā)醇設(shè)施后，堆體溫度的變化可以通過通風(fēng)和翻轉(zhuǎn)來控制。

根據(jù)不同的溫度，有機(jī)肥的發(fā)酵過程分為三個階段：低溫期、高溫期、減溫期（保溫期）。

低溫期，溫度為20℃--35℃左右。此時，中溫微生物繁殖旺盛，有機(jī)肥原料開始分解。分解過程中產(chǎn)生的熱量不斷提高有機(jī)肥發(fā)酵原料的堆積溫度，使發(fā)酵過程進(jìn)入下一階段。

高溫期，溫度為40℃~70℃左右。此時，微生物菌群大量繁殖，大大加速了有機(jī)肥原料的分解發(fā)酵速度。在這個階段，原料中的幼蟲逐漸被殺死。隨著熱量的積累，當(dāng)溫度超過70℃之后，低溫微生物細(xì)菌會死亡，高溫細(xì)菌的活性也會降低，發(fā)酵速度也會減慢。有機(jī)肥發(fā)酵原料一般堆放，避免溫度過高導(dǎo)致發(fā)酵速率減慢。

隨著發(fā)酵過程的結(jié)束，降溫期（保溫階段）。醇堆的溫度逐漸降低，直到略高于室溫，然后密封儲存。